浓缩蔬菜汁灭菌主要是杀死果蔬汁中的致病菌和钝化果蔬汁中的酶。
果蔬汁及其饮料的杀菌工艺正确与否,不仅影响到产品的保藏性,而且影响到产品的质量，这是非常重要的问题。加热能杀灭存在于果蔬中的引起腐败的细菌、霉菌、酵母菌，同时可以钝化酶的活性。通过给定的适当加热温度和加热时间，能达到杀死微生物的目的，但要尽可能降低对果蔬汁品质的影响，就必须选择合理的加热温度和时间。

杀菌方法:
热杀菌:
巴氏杀菌法LTS I
高温短时杀菌法HTST
超高温瞬时杀菌法(UHTS)冷杀菌:高压、脉冲、紫外、振荡磁场。
生产中可以采用一般杀菌法杀菌，即80~85'C杀菌30min左右，然后放入冷水中冷却，从而达到杀菌的目的。但由于加热时间太长，果蔬汁的色泽和香味都有较多的损失，尤其是混浊果汁，容易产生煮熟味。因此，常采用高温瞬时杀菌法，即采用93C土2C保持15~30s杀菌，特殊情况下可采用120C以上温度保持3~10s杀菌。
实验证明，对于同一杀菌效果而言，高温瞬时杀菌法得到了普遍应用。